2007年9月15日に東映アニメーションによる劇場版アニメが公開された。2006年4月にKeyの公式サイトで発表されたが、東映が積極的なPR・宣伝活動を開始したのはその約1年後からである（しかし製作時間は余裕がなかったという）。監督は劇場版『AIR』の監督でもある出崎統が務めている。
前作『AIR』への意見を踏まえてか前作より原作を意識した構成・つくりになっている（劇場パンフレット等の解説で、それらが垣間見える）ものの、「もう一つのCLANNAD」をコンセプトとしており前作同様な独自解釈に基づく世界観や設定の大幅な再構成も行われ、監修であるKeyに確認をとったうえで完成した。上映時間の制約もあって、ことみがゲスト出演に留まった。また、まったく出番の無いキャラクターも多数いる。
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